La flora del Parque es muy diversa, con más de 900 especies de plantas vasculares y helechos debido a los diferentes ecosistemas presentes, tanto acuáticos como terrestres.
Las principales especies vegetales de interés que aparecen en el parque (AMUPARNA, (2) 2010) son el alcornoque (Quercus suber), el pino piñonero (Pinus pinea), la sabina mora (Juniperus phoenicea), la brecina (Calluna vulgaris), el jaguarzo (Halimium halimiifolium), la jara blanca (Cistus albidus), el labiérnago (Phyllyrea angustifolia), el lentisco (Pistacia lentiscus), la retama de escoba (Cytisus scoparius), el enebro costero (Juniperus oxycedrus subsp. macrocarpa), el rataje (Tamarix africana), el barrón (Ammophila arenaria), el bayunco (Scirpus littoralis), la castañuela (Scirpus maritimus), el gamón común (Asphodelus aestivus), Vulpia fontquerana, Linaria tursica, Micropyropsis tuberosa, Hydrocharis morsus-ranae, la camarina (Corema album), el romero (Rosmarinusofficinalis), Loeflingia baetica o Caropsis verticillatinundata, entre otras. En los inventarios aparece frecuentemente Juncus effusus formando macollas (CSIC (3), 2010). Cobran también interés las comunidades instaladas en sistemas dunares.
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